Joseph Hubertus Pilates nació en Mönchengladbach , cerca de Düsseldorf, el 09 de Diciembre de 1883.
Fué un niño enfermo, que padecía raquitismo, asma, y fiebres reumáticas. Quizá su propio afán de superación, unido a ser hijo de un gimnasta profesional griego y una naturópata alemana, fueron determinantes
en los pasos que seguiría el resto de su vida, interesándose por el mundo de la anatomía, el movimiento y el bienestar.
Practicó en muchos casos de manera autodidacta, diferentes disciplinas como ; el boxeo, el yoga, la defensa personal, el esquí, y la gimnasia entre otras.
En 1913 viajó a Inglaterra junto a una compañía circense , con interés en dedicarse al boxeo. Al estallar la primera guerra mundial en 1914, fue recluido junto a otros alemanes cerca de Lancaster, y posteriormente trasladado a la Isla de Man. Podemos decir que Lo que hoy conocemos como Pilates, originalmente denominado “Contrología” por el propio Joseph, tiene su origen en la rutina de ejercicios que allí desarrolló, para el mantenimiento físico de los reclusos.

La guerra finaliza en 1919, y JH Pilates, fue repatriado a Alemania.Trabajó como entrenador de boxeo en Berlín, y como preparador físico de la policia militar en Hamburgo. Alentado por sus amigos Nat Fleischer (magnate del boxeo estadounidense) y Max schmeling (campeón del mundo de peso pesado en 1930), y oponiéndose a hacerse cargo del entrenamiento de la nueva policía militar alemana, optó por emigrar a los EEUU. Llegó a Nueva York en la primavera de 1926, junto a Anna Clara Zeuner. Clara se convirtió en su nueva esposa y compañera absoluta en el desarrollo y enseñanza de su método.

El primer Studio, se abrió en el 939 de la 8ª Avenida de Nueva York, y aunque inicialmente se dedicaba más concretamente al entrenamiento del boxeo, no tardó en convertirse en lugar de visita obligada para todos los bailarines y actores que frecuentaban las escuelas de danza y estudios de ensayo, que ocupaban el mismo edificio. La nueva metodología de trabajo y las habilidades de Joseph en la recuperación de lesiones, se difundieron rápidamente también entre la alta sociedad neoyorquina, convirtiéndose en el centro de referencia para bailarines, artistas, músicos, gimnastas, hombres de negocios, etc. Entre estos primeros bailarines, se encontraría una buena parte de la primera generación de profesores de Pilates como (Ron Fletcher, Carola Trier, Romana Kryzanowska, Bruce King y Lolita San Miguel)

Durante los años 30-50 siguió trabajando en el desarrollo del método y en el diseño de maquinaria específica como en Universal Reformer, el Trapeze Table, la Wunda Chair, el Leader Barrel, y multitud de otros pequeños elementos correctores. Durante este periodo, contó también con el apoyo de importantes ortopedistas, que recomendaban el trabajo de Contrología a sus pacientes. En 1934 publicó su primer libro Your Health (Su Salud) y en 1945, publicó el famoso Return to Life Through Contrology (Vuelva a la vida con la Contrología de Pilates). En este último se recoge todo el protocolo de ejercicios de suelo.

Desde finales de los 50 y durante la década de los 60, la comunidad médica se aleja de la aceptación del método, aunque sigue siendo un pilar fundamental en algunas instituciones de la danza. En el año 1966 un incendio arrasó el Studio de la 8ª avenida, y Joseph sufrió grandes daños mientras trataba de salvar de la quema todo lo que podía. Un año después en Octubre de 1967, fallecía a la edad de 83 años. Son muchas las personas que afirman que la causa de su muerte, de debió a las graves secuelas que le quedaron tras el incendio.

Hasta el año 1970, Clara siguió gestionando el Studio, quedando sin un claro sucesor hasta 1975, año en que Romana  Kryzanowska asumió el control, convirtiéndose en accionista al 50%. Clara falleció en 1976, pero el método siguió difundiéndose de manera original, gracias a esa primera generación de instructores.

Durante los años 80 el Studio vuelve a pasar por dificultades financieras y va cambiando de manos y nombres, hasta quedarse con el nombre de Drago’s, con el cual sigue funcionando a día de hoy bajo los criterios de trabajo que marcó Romana.

En 1983, el Dr James Garrick, director de Ortopedia del Hospital St Francis de San Francisco, contrata a Ron Fletcher para que le ayude a configurar el primer programa de Pilates con base médica.

El primer programa de oficial de certificación de instructores de Pilates, lo desarrolló Sean Gallagher con la ayuda de Romana. Gallagher fué bailarín profesional y fisioterapeuta, y unió por primera vez también, el Pilates con la Fisioterapia, como herramientas complementarias en el año 1990.

A partir del año 1995, el Método Pilates comienza a hacerse mucho más conocido a nivel popular y más aceptado por la comunidad médica. Se Popularizan especialmente las clases colectivas de MAT (suelo), y gracias al márketing, el impulso sigue en aumento, apareciendo diversas escuelas que impartían clases y formaban instructores. Una de estas escuelas trató de apropiarse de la marca “Pilates” como marca registrada, lo que dio lugar a un juicio que comenzó en 1996 y finalizó en el año 2000 en la corte del Distrito Federal de Manhattan. El tribunal dictaminó que la palabra Pilates es una designación genérica, que se aplica a un método de ejercicio concreto, que utiliza un protocolo y maquinaria específica, y que no pueden ser apropiados o denominados de otra manera. A partir de la sentencia el conocimiento y boom del método fue absoluto, aumentando el número de clubes, studios y gimnasios que lo imparten. Igualmente aumentó el número de escuelas que forman y certifican instructores.

En la actualidad y desde el año 2005,la PMA (Pilates Method Alliance), es la asociación profesional, internacional, que se dedica a enseñar y certificar instructores de Pilates por todo el mundo, siguiendo estrictamente la metodología y criterios que aplicaron en el desarrollo de su trabajo Joseph y Clara Pilates.